Il governo estense impoverì la popolazione, sottraendole il controllo delle saline, i diritti di pesca e quelli di sfruttamento dei boschi, mentre nel periodo pontificio la situazione economica conobbe qualche miglioramento. Nei secoli XVII e XVIII i Legati pontifici fecero costruire chiese e monumenti che ancora oggi danno alla città il suo caratteristico aspetto. Nel XX secolo le bonifiche di buona parte delle valli l'hanno unita alla terraferma, ma il suo centro storico conserva intatto l'aspetto originario ed è attraversato da una rete di canali le cui rive sono unite da ponti in mattone.
Numerosi sono i monumenti da vedere: la Chiesa del Carmine, la Chiesa del Rosario, la Chiesa di Santa Maria in Aula Regia, a cui è annesso il Museo Mariano di Arte Sacra Contemporanea, il Duomo di San Cassiano, la Loggia dei Mercanti, l'ex ospedale di San Camillo, il Loggiato dei Cappuccini e il Palazzo Bellini, centro culturale ed espositivo. Nei pressi della seicentesca Pescheria sorgono i celebri Trepponti, simbolo della città.
Da Comacchio si esce a ovest, seguendo via Spina in direzione Ostellato, e dopo circa 1 km si devia per il ponte che conduce a Valle Pega, la cui bonifica si è conclusa solo nel 1957. Si costeggia il canale Fattibello fino a Casone Foce, dove ha sede il Museo delle Valli.

Si tratta di un punto estremamente suggestivo, da cui Comacchio appare ancora una città lagunare, stagliandosi all'orizzonte in mezzo al blu delle sue valli. A piedi o in barca, si può percorrere un itinerario fra acqua e terra, in un ambiente ricco di suggestioni: oltre alla flora e alla fauna locali, si possono visitare i seicenteschi casoni di pesca e i "lavorieri" per la cattura della anguille. Dal Casone Foce si prende lo stradello che costeggia la valle sul lato settentrionale fino a raggiungere la Valle Zavelea, una zona umida, oggi di acqua dolce, residuo di una più vasta area salmastra oggi oasi di protezione della fauna. Si prosegue poi lungo la strada di Argine Agosta, che ricalca probabilmente il tracciato della strada romana che congiungeva Ravenna e Adria. Dall'alto della strada si gode la vista straordinaria delle valli più grandi sopravvissute alle bonifiche (9.600 ha), che hanno qui sembrano avere la stessa immensità del mare.
Poco prima di arrivare ad Anita, si svolta a sinistra e si raggiunge in breve l'argine del Reno, da cui si gode la vista della lunga penisola di Boscoforte, area naturalistica di primaria importanza, formatasi dall'affioramento di un cordone dunoso di epoca etrusca. Dall'ingresso della penisola di Boscoforte si prosegue sulla carraia bianca che corre sopra l'argine del Reno osservando sulla sinistra la Valle di Lido di Magnavacca. Si giunge quindi al casone restaurato che ospitò Giuseppe Garibaldi mentre nella valle, lungo la riva, si estende un vasto canneto.
Più avanti, superata un'ampia ansa fluviale si scorge sulla destra la chiusa del Reno, mentre sulla sinistra la valle termina con prati umidi e macchie di tamerici e biancospini. Per tornare a Comacchio a ai suoi Lidi, occorre percorrere con la massima cautela un tratto della Strada Statale Romea.